CONNAITRE LES MYCOSES PAR CHAMPIGNONS ET LEVURES

Pr. Salim Djelouat
Expert médicale certifié en médecine, santé et bien-être – Paris –
Auteur scientifique
salimdjelouat@mail.com

SOMMAIRE
I – INTRODUCTION
II – QU’APPELLE-T-ON MYCOSE ?
III – LES AGENTS PATHOGÈNES RESPONSABLES DES MYCOSES
IV – CLASSIFICATION
1 – Les champignons filamenteux
2 – Les levures ou champignons levuriformes
3 – Les champignons dimorphiques
V – QUEL EST LE RÔLE PATHOGÈNE DES CHAMPIGNONS ?
1 – Pénétration dans l’organisme, elle se fait par trois voies principales 
2 – Les principales voies de transmission
3 –  Comportement du champignon dans l’organisme 
4 – Principaux facteurs influents la pathogénicité –
VI –  LES CARACTÉRISTIQUES CLINIQUES DES MYCOSES ?
VII –  LES PRINCIPALES LOCALISATIONS DES MYCOSES ?
1 – Superficielle 
2 – Profonde 
VIII – LE DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DES MYCOSES
1 – Diagnostic direct (isolement et identification d’un champignon)
1.1 – Prélèvements
1.1.1 – Les différents sites des prélèvements
1.1.2 – Précautions à respecter lors du prélèvement
1.1.3 – Acheminement du prélèvement
1.1.4 – Traitement du prélèvement
2 – Démarche d’identification
2.1 – Examen direct.
2.2 – Mise en culture (elle se fait en deux temps, isolement et identification)
3 – Diagnostic immunologique
3.1 – Recherche d’anticorps
3.2 – Recherche d’antigènes circulants 
4 – Diagnostic par la biologie moléculaire

I – INTRODUCTION

Soupçonnées depuis l’antiquité, les mycoses ne deviennent une entité clinique qu’avec l’apparition du microscope vers le 18 ^ème   siècle.
Les premières cultures sont obtenues et codifiées en laboratoire à la fin du 19 ^ème siècle et au début du 20 ^ème  siècle.
C’est à partir des années 1970 – 1980 que la mycologie médicale prend son véritable essor.

II – QU’APPELLE-T-ON MYCOSE ?

Les mycoses sont des lésions provoquées chez l’homme par des champignons microscopiques.
Les champignons toxiques par ingestion concernent la réanimation médicale et la toxicologie.
La mycologie médicale étudie les champignons microscopiques susceptibles de provoquer chez l’homme l’installation d’un état pathogène lié à :

1 –  Une localisation superficielle 
Avec atteinte de la peau et des phanères ainsi que de l’ensemble des muqueuses, en particulier les tractus digestifs et génitaux
2 – une localisation profonde  
Avec atteinte organique, multi-organique, viscérale, septicémique.

III – LES AGENTS PATHOGÈNES RESPONSABLES DES MYCOSES

Les champignons sont des eucaryotes dépourvus de chlorophylle et ne comportent ni feuilles, ni tiges, ni racines.
Ils se nourrissent par absorption trans-membranaire.
Ils sont en général saprophytes ou commensaux mais peuvent devenir parasites sous différentes conditions.
C’est le passage de la forme saprophyte à la forme parasite (opportunisme) qui génère la pathogénicité d’un champignon.

IV – CLASSIFICATION

Les champignons ont longtemps fait partie du règne des plantes.
Ils sont actuellement classés dans un règne (phylum) propre : Fungus.
Parmi les nombreuses classifications existantes concernant les champignons telles que, leur taille (soit macro ou micromycètes), soit sur des critères morphologiques (tel que le genre ou l’espèce), le classement de mycologie médicales en trois grands groupes distincts reste le plus simple et le plus adopté.

On distingue ainsi :
1 – Les champignons filamenteux
2 – Les champignons levuriformes (levures)
3 – Les champignons dimorphiques.

1 – Les champignons filamenteux
Ils naissent de la germination d’une spore.
De la spore naît un filament qui va se développer puis se diviser en se ramifiant et va constituer un enchevêtrement de filaments formant le mycélium.
Les filaments forment des tubes limités par des parois et contiennent des noyaux et du cytoplasme.
Dans la majorité des espèces, les filaments sont cloisonnés.
Les champignons filamenteux sont identifiés généralement sur les caractères morphologiques de leur reproduction non sexuée qui a pour finalité la pérennité d’une espèce.
En produisant des spores appelées aussi conidies.
Elles peuvent être de formes et de tailles très variables.
Ces spores sont des organes de résistance et de dissémination.
Elles peuvent naître directement du filament ou à partir d’organes spécialisés (phialides, sporocystes…).
Dans certains cas, un filament spécialisé appelé conidiophore porte ces organes de reproduction.

Le diagnostic de genre et d’espèce des champignons filamenteux repose sur :
– L’aspect macroscopique
– La couleur des colonies
– La morphologie microscopique
– Les caractères des organes de fructification

2 – Les levures ou champignons levuriformes
Une levure est constituée d’une cellule, élément de base.
Cette levure se reproduit par bourgeonnement unique ou multiple. Dans certains cas ce bourgeonnement s’allonge générant une expansion qu’on appelle pseudo filament.

Les principaux genres retrouvés chez l’homme sont :
– Candida
– Cryptococcus
– Saccharomyces

TRÈS IMPORTANT À CONNAÎTRE

 /1/ – Certaines espèces restent toujours sous forme levures, d’autres présentent les deux formes : levures avec des pseudos filaments.
Dans les tissus humains on retrouve les deux formes (levure et pseudo filament).

 /2/ – Certaines particularités de morphologie microscopique orientent vers l’identification immédiate de genres ou d’espèces particulières :

– Les chlamydospores (Candida albicans)
                    Ou
 – Les formes encapsulées (Candida neoformans).

 /3/ – Dans d’autres cas, les aspects morphologiques d’identification sont insuffisants et doit faire alors appelles :
– Aux caractères microscopiques
 – Aux caractères de croissances
 – À l’aspect des cultures sur milieux spéciaux

3 – Les champignons dimorphiques
Ce sont des champignons plus rarement rencontrés et ont une origine beaucoup plus tropicales et ceux sont des agents responsables des « mycoses exotiques » . 
Ils ont un développement intermédiaire  entre les champignons précédents.
La contamination se fait à partir  d’une spore de champignon soit par voie aérienne (pulmonaires surtout), soit par voie transcutanée.
Après pénétration dans l’organisme, les spores germent et prennent une forme levure.
Toute la symptomatologie clinique est due au développement de ces levures.  
Lorsque ces levures sont extraites de leur hôte et se retrouvent dans l’environnement ou sont ensemencées sur un milieu de culture, elles évoluent à nouveau en un champignon filamenteux.

V – QUEL EST LE RÔLE PATHOGÈNE DES CHAMPIGNONS ?

Il existe plus d’un million d’espèces regroupées dans environ 4 000 genres.
Plus de 500 espèces ont été décrites comme susceptibles d’être pathogènes pour l’Homme.
Mais seule une cinquantaine d’espèces sont régulièrement isolées de prélèvements d’origine humaine.

1 – Pénétration dans l’organisme, elle se fait par trois voies principales 
1.1 – La voie cutanée pour les dermatophytes
1.2 – Les voies des muqueuses, pour les candidoses
1.3 – La voie pulmonaire, pour les aspergilloses

2 – Les principales voies de transmission
Elle se fait surtout par l’intermédiaire de spores libres dans l’environnement par :
2.1 – L’air (inhalation)
2.2 – Le sol (contact)
2.3 – L’eau (piscines – alimentaire)
2.4 – Les animaux (surtout par leur contact)
2.5 – Les végétaux (alimentaire – piqûres)
2.6 – L’homme (contact).

3 –  Comportement du champignon dans l’organisme 
Un champignon peut rester quiescent chez le porteur, on parle alors soit de :
3.1 – Portage
3.2 – Commensalisme
3.3 – Colonisation
3.4 – Saprophytisme, car le champignon peut rester au stade saprophyte.

Dans certaines circonstances ou sous la pression de différents facteurs, ces champignons vont développer chez l’hôte une maladie : il y a passage du stade saprophyte au stade pathogène.

4 – Principaux facteurs influents la pathogénicité –
4.1 – Facteurs intrinsèques (facteurs dépendants de l’hôte)
Ces facteurs peuvent être :
4.1.1 – Facteurs d’ordre physiologique 
– Âge (vieillesse ou nouveau-nés)
– Grossesse (augmentation de 30 % des candidoses)
 4.1.2 – Facteurs d’ordre pathologique 
 – Les hémopathies malignes (leucémies surtout)
– Le diabète
– Les problèmes d’endocrinopathies
– Un déficit acquis de l’immunité (SIDA)

4.2 – Facteurs extrinsèques (favorisant l’installation des mycoses), dont les principaux sont
– La prise de certains immunosuppresseurs
– Traitement par des corticoïdes ou les antimitotiques
– La pose des cathéters veineux ou artériels
– Sondes vésicales ou gastriques
– La pose de cathéters veineux, artériels ou de chambres implantables
– Les chirurgies cardiaques, pulmonaires ou osseuses
– Les transplantations d’organes ou les greffes

VI –  LES CARACTÉRISTIQUES CLINIQUES DES MYCOSES ?

Les mycoses se distinguent par :
1 – Une évolution lente, d’allure chronique ou subaiguë, pouvant durer plusieurs semaines à plusieurs mois
2 – La formule et numération sanguine n’est pas ou peu influencée.  
3 – Une absence de fièvre (sauf en cas de septicémie ou de colonisation d’organes profonds)
4 – Une absence de douleurs (sauf localisations nerveuses)
5 – Un prurit, pour la majorité des atteintes cutanées
6 – Une sensation inconstante de brûlure en localisation muqueuse

VII –  LES PRINCIPALES LOCALISATIONS DES MYCOSES ?

La plupart des mycoses sont cosmopolites.
Mais certaines ne sont localisées qu’à une région particulière du globe ou aux zones intertropicales (telles que les mycoses exotiques).

Les principales localisations des muqueuses sont  

1 – Superficielle 
– Peau
– Phanères
– Muqueuses
– Tube digestif…

2 – Profonde 
– Viscérales
– Ostéo-articulaires
– Septicémiques…

VIII – LE DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DES MYCOSES

1 – Diagnostic direct (isolement et identification d’un champignon)

1. 1 – Prélèvements
1.1.1 – Les différents sites des prélèvements
– Prélèvements de la peau, des cheveux et des ongles
– Prélèvements des muqueuses et orifices naturels
– Prélèvements des sécrétions pulmonaires
– Prélèvements du liquide céphalo-rachidien
– Prélèvements de sang (hémocultures ou sérologies)
– Prélèvement d’urines
 – Prélèvements de selles
 – Biopsies superficielles ou d’organes profonds     
– Nombreux autres prélèvements possibles

1.1.2 – Précautions à respecter lors du prélèvement 
– Choix du contenant (stérilité)
 – Les risques liés aux prélèvements
– Les différentes protections

1.1.3 – Acheminement du prélèvement 
– Conditions
 – Rapidité
 – Risques

1.1.4 – Traitement du prélèvement 
– Travailler sous hotte à flux laminaire
– Le matériel doit être jetable
– Utilisation de gants et de sarrau de protection

2 –  Démarche d’identification 
2.1 – Examen direct
Il se fait en fonction du type de prélèvement et de la recherche demandée (dermatophytes, autres champignons),
Entre lame et lamelle, avec adjonction ou non d’un colorant.
Dans le cas d’un examen direct positif, surtout dans le cas des  champignons filamenteux, la réponse doit être donnée immédiatement au clinicien pour la prise en charge médicale.

2.2 – Mise en culture (elle se fait en deux temps, isolement et identification) 
– Ensemencements : sur différents milieux, afin d’obtenir de beaux isolements
– Lecture des ensemencements : durée de pousse, macroscopie
– Identification par des techniques spéciales, surtout sur des milieux d’identification.  
– Interprétation des résultats

3 – Diagnostic immunologique
Réalisé par différentes techniques sérologiques :

3.1 – Recherche d’anticorps 
– Aspergillus +++ 
– Candida +/-   

3.2 – Recherche d’antigènes circulants  
– Aspergillus +++
– Candida +
– Cryptocoques +++

4 – Diagnostic par la biologie moléculaire
– Diagnostic
– Identification
– Typage épidémiologique

http://salimdjelouat.com/2017/06/08/les-infections-vaginales-2/

Pr. Salim Djelouat 
Medical Analyst and Bioclinicist
Certified Medical Specialist in Health, Fitness, and Physical Therapy – Paris –
Psychotherapist
Scientific author
Webmaster and blogger

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